忍者神龟1讲述的，主要是多年以前，赛克斯制药公司发现了一种突变原，并且把一只老鼠和四只小乌龟当成了实验体。
其后，女主角艾普丽尔的父亲发现赛克斯动机不纯，于是用一场大火毁掉了所有的研究数据，而艾普丽尔则把老鼠和乌龟放生。
多年以后，牛妖嗑城当中以史莱德为首的大脚帮横行霸道，已经长大的四只乌龟，化身忍者神龟，从隐居的下水道冲出，开始了与大脚帮对抗的过程！
“刷！”
一道白光洒下，江帆已经来到了一处干燥的下水道中！
不过刚刚进来，他就闻到了一股火药的味道！
江帆眉头微皱，脚下一点，猛然向着前方冲去！
很快，一座异常宽敞的地下空间已经映入眼帘！
这里看起来就仿佛是一座小广场，周围的墙壁的上还有不少涂鸦，各处更是摆满了家具杂物！
然而此刻，这里已经仿佛被炸弹轰击过一般，地面上堆积着成片的碎石，水泥墙壁上全是裂纹，有些墙壁甚至被整面摧毁！
而此刻，一个女人正背对着江帆，在拼命搬动一块大石头！
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